Els programes d'avaluació de la Recerca, Desenvolupament i Innovació (R+D+I) se centren en assolir l'excel·lència de les activitats de recerca científica, desenvolupament i innovació tecnològica dins de les universitats i els centres de recerca. L'AQUIB col·labora en l'avaluació de diverses convocatòries d'R+D+I i en realitza el procés a partir de metodologies i estàndards de qualitat internacionals. Això es du a terme amb la participació de persones avaluadores externes independents, amb experiència en el camp científic pertinent i amb plena imparcialitat. Aquestes avaluen d'acord amb els criteris establerts per l'entitat convocant de les ajudes i els principis i estàndards generals d'avaluació, en què s'inclouen els principis d'especialització, experiència, independència i objectivitat.
Dins de les principals actuacions de l'AQUIB, destaquen les avaluacions següents:
D'altra banda, l'AQUIB es posa a disposició per altres accions d'avaluació i prospectiva del sistema educatiu superior de les Illes Balears.
L’AQUIB treballa activament en l'avaluació de diverses convocatòries d'ajudes a l'activitat de Recerca, Desenvolupament i Innovació (R+D+I). A vegades aquesta tasca es realitza des de l'Agència amb l'assistència activa d'altres agents de referència en la promoció i avaluació de l'activitat de l'àmbit de la R+D+I.
D'aquesta manera, l’AQUIB realitza aquesta funció principalment per a agents de recerca de les Illes Balears, però també amb l'opció de realitzar-los a nivell nacional i internacional.
El procés d'avaluació es realitza d'acord amb els criteris i seguint les instruccions i requisits continguts en les convocatòries d'ajudes i subvencions de finançament de la recerca de què es tracti en cada cas. Ateses les bases d'aquestes convocatòries es classifiquen per àrees de coneixement, per a ser remeses a les persones expertes que ho avaluen.
AQUIB duu a terme les avaluacions de propostes presentades a convocatòries de R+D+I sota els estàndards de qualitat i metodologies nacionals i internacionals més rigorosos. D'aquesta manera, la nostra Agència disposa de la col·laboració externa de personal acadèmic i investigador especialitzats que coordinen o escometen les avaluacions sota els principis i estàndards generals d'avaluació, amb especial atenció als principis d'imparcialitat, experiència, especialització, objectivitat i independència.