El día 7 de mayo de 2007 la AQUIB recibió la acreditación AENOR para la norma UNE EN ISO 9001, concedida por la Asociación Española de Normalización y Certificación (AENOR). Al acto, celebrado en la antigua sede de la Agencia en la Vía Roma de Palma, asistieron, además del personal de la Agencia:

• Sr. Francisco J. Fiol Amengual, consejero de Educación y Cultura del Gobierno de las Illes Balears.
• Sra. Montserrat Casas Ametller, rectora de la Universitat de les Illes Balears.
• Sr. Climent Ramis Noguera, director general de Universidad de la Consejería de Educación y Cultura del Gobierno de las Illes Balears y presidente de la Agencia.
• Sra. Pilar Roca Morey, directora de la Agència de Qualitat Universitària de les Illes Balears.
• Sra. Eva Subirà Jiménez, directora de la delegación de AENOR en Baleares.

Desde entonces se ha renovado la acreditación en varias ocasiones, siendo la última el pasado 1 de Abril de 2022. El Sistema Interno de Garantía de Calidad de la AQUIB es ya un sistema consolidado, robusto y que funciona muy eficazmente. La Agencia lo considera uno de los pilares básicos de su funcionamiento, y por ello, lo cuida con especial mimo, siempre atenta a cualquier oportunidad de mejora.