El dia 7 de maig de 2007 l’AQUIB va rebre l'acreditació AENOR per a la norma UNE EN ISO 9001, concedida per l'Associació Espanyola de Normalització i Certificació (AENOR). A l'acte, celebrat en l'antiga seu de l'Agència en la Via Roma de Palma, van assistir, a més del personal de l'Agència:

• Sr. Francisco J. Fiol Amengual, conseller d'Educació i Cultura del Govern de les Illes Balears.
• Sra. Montserrat Casas Ametller, rectora de la Universitat de les Illes Balears.
• Sr. Climent Ramis Noguera, director general d'Universitat de la Conselleria d'Educació i Cultura del Govern de les Illes Balears i president de l'Agència.
• Sra. Pilar Roca Morey, directora de l’Agència de Qualitat Universitària de les Illes Balears.
• Sra. Eva Subirà Jiménez, directora de la delegació de AENOR a Balears.

Des de llavors s'ha renovat l'acreditació en diverses ocasions, la darrera el passat 1 d'abril de 2022. El Sistema Intern de Garantia de Qualitat de l'AQUIB és ja un sistema consolidat, robust i que funciona molt eficaçment. L'Agència ho considera un dels pilars bàsics del seu funcionament, i per això, el cuida amb especial minuciositat, sempre atenta a qualsevol oportunitat de millora.